Mardin Müzesi, yörenin tarihsel ve kültürel zenginliklerini yansıtan, arkeolojik ve etnografik koleksiyonlara sahiptir.
Müzenin arkeolojik koleksiyonunda; MÖ 4000'den, MÖ 7. yüzyıla kadar olan dönemi kapsayan eserler bulunmaktadır. Eski Tunç, Asur, Urartu, Grek, Pers, Hellenistik, Roma, Bizans, Büyük Selçuklu, Artuklular ve Osmanlı devirlerine ait tabletler, silindir ve damga mühürler, kült kapları, figürinler, metalden bızlar, takılar, keramikler, altın, gümüş ve bakır sikkeler, gözyaşı şişeleri ve kandiller sergilenmektedir.

Etnografya salonunda ise Mardin ve çevresine, bilhassa Midyat İlçesi'ne özgü gümüş işlemeciliğinin seçkin örnekleri olan kolyeler, küpe, bilezik, halhal, alınlık, saçlığın yanı sıra, eski giysiler, kılıçlar, kahve (mırra) takımları, hamam eşyaları, tespihler, ısınma araçları ve bakır eşyalar da sergilenmektedir.